Cuando el profesor Sakai, experto en antigüedades y folclore japonés, abre un pergamino prohibido, es poseído por los antiguos demonios japoneses del trueno y el relámpago, que con La Espada de las Tormentas buscan regresar y convocar a sus hermanos, los Dragones, a dominar el mundo de los humanos. La Oficina para la Investigación y Defensa Paranormal envía a Japón a Hellboy y a Kate Corrigan, junto con un equipo de agentes profesionales, a investigar el extraño caso. Sin embargo, cuando Hellboy encuentra una sospechosa espada samurái en la escena del incidente, es transportado automáticamente a una dimensión sobrenatural feudal japonesa. Mientras tanto, sus compañeros Abe Sapien y Liz Sherman, quedan varados en una isla en medio del océano, donde tratan de detener a uno de los Dragones en la primera ola del caos que se avecina. Hellboy, atrapado en la extraña dimensión, descubre que está colmada de espíritus, demonios, fantasmas y monstruos viciosos que quieren acabar con él y robarle la espada. No va a ser una pelea fácil, y antes de que la batalla termine, Hellboy se enterará qué tan peligrosos pueden ser realmente el dúo legendario de trueno y el relámpago. 
